Bye bye Chaperon rouge est une version moderne du célèbre conte. Depuis son enfance, Fanny vit avec sa mère, météorologue de profession, au coeur d'une forêt enchanteresse où habitent également sa grand-mère et son arrière-grand-mère paternelles. Un jour, Fanny, 12 ans, quitte le sentier...
Poursuivis par des brigands qui en veulent à leur bourse, un pacha turc et sa fille, Kondja, doivent fuir sur le Danube. Ils sont secourus par Michael Timar, ambitieux capitaine de navire. Victime d’un accident, le pacha reconnaissant fait promettre à Timar sur son lit de mort de veiller sur sa...