Hors-la-loi, El Topo défie pour l'amour d'une femme les Quatre Maîtres du Désert. Les ayant vaincus, sa conscience s'élève jusqu'à ce que sa femme le trahisse. Sa nouvelle vie d'homme saint commence alors et El Topo s'engage dans la libération d'une communauté de parias.
2033. Mexico est devenue une cité tentaculaire, régie par un gouvernement totalitaire. La société est désormais divisée en castes. Pablo appartient à l’élite : jeune financier sans scrupules, il profite du système et s’adonne sans compter aux plaisirs et à la drogue. Mais le jour où...