La guerre est finie, mais le combat est loin d'être terminé pour Shikishima, pilote rongé par la culpabilité. Peut-il se pardonner et aider à sauver le Japon de la furie de Godzilla ?
À Tokyo, Chiwawa est une fille populaire. Un jour, son corps est retrouvé dans la baie de Tokyo, découpé en morceaux. Les amis de Chiwawa se rassemblent pour se souvenir d'elle, mais ils réalisent qu'ils ne la connaissaient pas si bien, pas plus que son vrai nom ou son passé.
